Τα μέλη της Εκκλησίας για να αγιαστούν, είναι απαραίτητο να μετέχουν στα Μυστήριά της. Μυστήρια στη χριστιανική ορολογία είναι ιερές τελετές, με τις οποίες μεταδίδεται στον άνθρωπο η χάρη του Θεού. Τα μυστήρια όλα, όπως και κάθε ένα ξεχωριστά, δεν μπορούν να θεωρηθούν αποκομμένα από την φυσική και ιστορική πραγματικότητα, ούτε ως αφηρημένες ή μαγικές πράξεις. Αντίθετα τα χριστιανικά μυστήρια δεν γίνονται “μηχανιστικά” αλλά προάγουν την ζωή μέσα στα φυσικά πλαίσια και με βάση την προκοπή και τη συνεργία του μέλους. Πρέπει δηλαδή να γίνει κατανοητό πως αν δεν ενεργοποιηθεί η θέληση του ανθρώπου, τα μυστήρια δεν μπορούν να πραγματώσουν κανένα από τα έργα της τελείωσης. Με αυτή την προοπτική κατανοείται η χρήση των υλικών στοιχείων τα οποία μεταβάλλονται και καθαγιάζονται, λαμβάνοντας ειδικό νόημα και περιεχόμενο. Τα μυστήρια τελικά είναι υπεύθυνα για την διαρκή καθαίρεση των δαιμονικών δυνάμεων, η οποία επιτελείται μέσα από την εκκλησιαστική δομή του σώματος της εκκλησίας, προς θεραπεία, πρόοδο και θρίαμβο κατά των δαιμονικών δυνάμεων. Τα Μυστήρια είναι επτά: Το βάπτισμα, το χρίσμα, η θεία ευχαριστία, η ιερωσύνη, η μετάνοια, (εξομολόγηση), το ιερό ευχέλαιο και ο γάμος.
Το βάπτισμα
Είναι το Μυστήριο της εισόδου του ανθρώπου στην Εκκλησία. Με το Βάπτισμα γίνεται η μύηση στο Χριστό και στην Εκκλησία. Συνήθως γίνεται στην παιδική ηλικία. Ο ιερέας βυθίζει το παιδί τρεις φορές στο νερό, μία στο όνομα του Πατρός, μία στο όνομα του Υιού και μία στο όνομα του Αγίου Πνεύματος. Αυτή η κίνηση του βυθίσματος, συμβολίζει την τριήμερη ταφή και ανάσταση του Κυρίου. Συμβολίζει, όμως, και τον θάνατο του παλαιού ανθρώπου και την ανάσταση και γέννηση του καινούργιου στο καινούργιο Βασίλειο του Θεού. Το Βάπτισμα το καθιέρωσε ο ίδιος ο Κύριος με την εντολή που έδωσε στους μαθητές του να πάνε και να κάνουν μαθητές του τους ανθρώπους πάντων των λαών και να τους βαπτίσουν στο όνομα του Πατρός και του Υιού και του Αγίου Πνεύματος. (Ματθ. 28,19).